コメント欄にURLを入力してプレビューを押すと、画面最下部に「MT::App::Comments=HASH(0x811d85c) Use of uninitialized value in 以下略」なんてのが出ますが、どうやらMovableTypeのバグのようです。実用的にはなんら問題ないので、MTがバージョンアップするまではこのままです。(￢＿￢；) 　MT2.661のサイトすべてで同じ症状ですので、他サイトさんで同じような表示が出てもお気になさらずに・・・。
追記：バグフィックスの方法が分かりましたので、現在、この問題は解決されています。まさかMovableType導入初日からCGIを書き換えることになるとは（笑）

■修正方法
[MT]/lib/MT/Template/下にある
Context.pmというファイルの1187行目、1188行目を

if (!$c->id) {

return sprintf(qq(<a target="_blank" href="%s%s?__mode=red&id=">>%s</a>),$cgi_path, $comment_script, $name);

} else {

return sprintf(qq(<a target="_blank" href="%s%s?__mode=red&id=%d">%s</a>),$cgi_path, $comment_script, $c->id, $name);

}

とするとバグは治るようです。
※詳しくは、公式サポートフォーラムのこちらのスレッドをご参照ください。

■修正ファイル
修正したファイルを下記にアップしました。
自己責任でご利用ください。
http://intermezzo.cool.ne.jp/cache/Context.pm
（修正前のコードはコメントアウトしてあります。）
上記ファイルをダウンロードした後、[MT]/lib/MT/Template/Context.pmに上書きしてください。
無保証ですし、公式な修正方法ではないので待つほうが無難だと思いますけど…。